یکی از مشکلات عمومی ساکنین مناطق محروم کشور، تأمین مسکن مناسب است. در نواحی جنوبی کشور، معمولاً خانواده‌هایی که وضعیت اقتصادی نامناسبی دارند، در کَپَر زندگی می‌کنند. یکی از مناطق هدف بنیاد خیریۀ خواجه نصیر طوسی برای تأمین سرپناه مناسب، شهرستان محروم بشاگرد است که در آنجا نیز از سال‌های دور استفاده از کپر مرسوم بوده است.
کَپَر یا لَهَر مسکن سنتی بشاگرد است که با چوب و برگ درخت خرما ساخته می‌شود. هر چند با توجه به آب و هوای منطقه، کپر مزایای زیادی برای اسکان دارد، اما آسیب‌پذیری زیاد در مقابل بارندگی، باد و طوفان، نداشتن تهویه و نور مناسب، ورود انواع حیوانات مانند عقرب، مار و … به داخل آن، خطر آتش‌سوزی، نیاز به بازسازی اساسی بعد از سه تا چهار سال پس از ساخت و … باعث شده است کپر گزینه‌ای نامناسب و در عین حال ناگزیر برای انتخاب باشد. چرا که بسیاری از ساکنین این کپرها توان مالی ساخت مسکن مناسب را ندارند.
به همین دلیل رفع مشکل مسکن اهالی روستاهای بشاگرد در دستور کار بنیاد قرار گرفت و در این راستا و با مشارکت خیرین گرامی تعداد ۳۳۵ باب منزل مسکونی احداث و به خانواده‌های نیازمند به‌صورت رایگان اهداء گردید. همچنین تعداد ۷۰ باب منزل مسکونی نیز در سال‌های اخیر توسط این بنیاد احداث شده است و با قیمت تمام شده و با اقساط طولانی‌مدت به خانواده‌های روستایی که توان پرداخت اقساط را داشته‌اند واگذار شده است.