اولین اردوی جهادی دبیرستان خواجه نصیرالدین طوسی در نوروز ۱۳۷۷، طلیعهٔ فصل جدیدی از فعالیت‌های فرهنگی و تربیتی مؤسسهٔ عام‌المنفعهٔ خواجه نصیرالدین طوسی بود که با هدف خدمت‌رسانی به مناطق محروم کشور پایه‌گذاری شد.
استقبال دانش‌آموزان و دانش‌آموختگان این مؤسسه از ارائهٔ کمک‌های مادی و معنوی به مناطق محروم، مسئولین مؤسسه را بر آن داشت تا با راه‌اندازی مجموعه‌ای مستقل، فعالیت‌های محرومیت‌زدایی خود را به‌ویژه در مناطق روستایی کشور گسترش دهند، و این سرآغاز تولد بنیاد خیریهٔ خواجه نصیر طوسی در سال ۱۳۸۹ بود.