برگزاری اردوهای جهادی دانش‌آموزی و دانشجویی از مهم‌ترین فعالیت‌های بنیاد می‌باشد. اردوی جهادی با الهام از فعالیت‌های داوطلبانهٔ مردمی در اوایل انقلاب اسلامی ایران، از سال ۱۳۷۷ تا کنون در این مجموعه به اجرا در آمده است. طوری که سالیانه بیش از ۱۵۰ نفر از دانش‌آموزان، دانشجویان، مربیان و دبیران در آن حضور پیدا می‌کنند.
فرهنگ‌سازی
روحیهٔ جهادی، فرهنگی برآمده از متن دین است. ازاین‌رو تلاش برای بسط و گسترش این روحیه در میان نوجوانان و جوانان، یکی از مهم‌ترین ابعاد اردوهای جهادی است. آشنایی دانش‌آموزان و دانشجویان با این فرهنگ، آمادگی آنان را برای حل مشکلات و معضلات اجتماعی افزایش می‌دهد.
خودسازی
یکی از ارکان اردوهای جهادی هجرت است. جدایی از زندگی روزمره و حضور در محیطی با حداقل امکانات زندگی، بستری فراهم می‌آورد تا هر شخص از نقاط ضعف و قوت خویش و نیز میزان وابستگی‌اش به تعلقات دنیایی آگاهی یابد. به همین دلیل اردوی جهادی محیط مساعدی برای برطرف کردن نقاط ضعف و ترک تعلقات است.
خدمت‌رسانی
یکی دیگر از اهداف اردوهای جهادی، خدمت‌رسانی به محرومین است. در واقع این اردوها تلاشی در جهت اداء دِین به مناطق محروم و کمتر توسعه یافتهٔ کشور است. در این راستا بنیاد با بهره‌گیری از تخصص و تعهد حاضران در امر خدمت‌رسانی به مناطق محروم گام بر می‌دارد. هرچند به‌خاطر بازهٔ زمانی کوتاه این اردوها، حجم فعالیت‌های عمرانی و خدماتی محدود است، ولی به‌خاطر آشنایی حاضران در اردو با مشکلات و نیازمندی‌های این مناطق، خدمات‌رسانی و ارسال کمک‌های مادی و معنوی در طی سال نیز ادامه می‌یابد. برگزاری بیست و دو دوره اردوی جهادی دانش‌آموزی، هجده دوره اردوی جهادی دانشجویی و نیز چهار دوره اردوی خواهران نتایج مطلوبی در جهت محرومیت‌زدایی از روستاهای کشور داشته است. ضمن اینکه متقابلاً اثرات بسیار مطلوبی نیز در میان شرکت‌کنندگان بر جای گذاشته است. به‌طوری که هر ساله بر تعداد کسانی که داوطلب حضور در اردو هستند یا تمایل به ارائهٔ کمک‌های مادی و معنوی به مناطق محروم دارند، افزوده می‌شود.
